В ходе реализации государственного механизма казначейского сопровождения грантов, полученных представителями фермерского сообщества через Министерство сельского хозяйства КБР, возникает ряд вопросов относительно порядка использования этих целевых средств. 
Управление Федерального казначейства по КБР разъясняет, как обеспечивается целевое использование денег, направляемых государством на поддержку сельхозтоваропроизводителей на безвозмездной основе. Нормативно-правовая база по казначейскому сопровождению, а также по порядку санкционирования указывается в тексте соглашений, заключаемых между Министерством сельского хозяйства КБР и каждым грантополучателем. Процедура такова: в рамках реализации предложенных бизнес-планов на развитие крестьянского (фермерского) хозяйства грантополучатель обращается в управление для открытия лицевого счёта, куда в последующем республиканский Минсельхоз зачисляет средства гранта для их дальнейшего казначейского сопровождения. После зачисления средств на счёт грантополучателю выдают выписку об открытии лицевого счёта, в отдел казначейского сопровождения управления представляются сведения об операциях с целевыми средствами, платёжные документы и документы-основания для санкционирования расходных операций. По завершении санкционирования операции по целевому расходованию средств грантополучателем лицевой счёт, открытый им в управлении, закрывается.
При выполнении этих этапов взаимодействия у грантополучателей – клиентов управления чаще всего возникают вопросы, связанные с механизмом приобретения товаров, работ у контрагента, механизм авансирования целевых средств при приобретении товаров, работ у контрагента, находящегося на территории субъекта Российской Федерации, в котором зарегистрирован грантополучатель, а также на территории другого субъекта Российской Федерации.
Для эффективного целевого расходования средств грантов необходимо знать следующие особенности. Если грантополучатель и контрагент находятся в одном субъекте РФ, грантополучатель заключает с контрагентом договор купли-продажи товара (работ или услуг), в котором, кроме основных положений, установленных Гражданским кодексом РФ, обязательно указывается условие о казначейском сопровождении заключаемого договора, ключевые положения (запреты и разрешения) по расходованию целевых средств для контрагента, сумма авансирования целевых средств, предусмотренного заключаемым договором, а также обязанность контрагента по открытию лицевого счёта для выполнения сторонами своих обязательств, предусмотренных заключённым договором (контрактом). Контрагент на основании договора (контракта) открывает лицевой счет в территориальном органе Федерального казначейства по месту своего нахождения.
На следующем этапе фермер получает в территориальном органе ведомства по месту своей регистрации квалифицированный сертификат ключа проверки электронной подписи для доступа в программу удалённой работы (санкционирования операций) с ТОФК и одновременно устанавливает программный продукт Федерального казначейства «Система удалённого финансового документооборота». После открытия лицевого счёта контрагентом сторонами вносятся изменения в заключённый договор в части уточнения реквизитов контрагента. Окончательный вариант договора представляется грантополучателем в ТОФК по месту обслуживания, после чего формируется платёжный документ для зачисления суммы аванса согласно условиям заключённого договора.
Далее идёт исполнение договора сторонами (поставка товара, выполнение работ, оказание услуг), и по факту исполнения контрагентом условий договора грантополучатель формирует платёжный документ для окончательной оплаты стоимости приобретений.
Следующим этапом грантополучатель оформляет уведомление о полном исполнении контрагентом обязательств по заключённому договору. Итоговым платёжным документом контрагент зачисляет сумму средств со своего лицевого счёта, открытого в управлении, на свой расчётный счёт в кредитном учреждении. После исполнения всех обязательств и при отсутствии на лицевых счетах денежных средств грантополучатель и контрагент имеют право закрыть лицевые счета в управлении.
При нахождении контрагентов на территории разных субъектов РФ процедура казначейского сопровождения имеет отличия. При использовании механизма авансирования грантополучатель заключает со своим контрагентом договор купли-продажи товара (работ или услуг), в котором кроме основных положений, установленных Гражданским кодексом Российской Федерации, обязательно указывает условие о казначейском сопровождении заключаемого договора, ключевые положения (запреты и разрешения) по расходованию целевых средств для контрагента, сумму аванса, предусмотренного заключаемым договором, а также обязанность контрагента по открытию лицевого счёта для выполнения сторонами своих обязательств, предусмотренных заключённым договором (контрактом). Контрагент на основании договора (контракта) обращается в территориальное управление Федерального казначейства по месту своего нахождении для открытия лицевого счёта, в результате чего территориальный орган Федерального казначейства проверяет полученные документы контрагента и в случае правильного их оформления направляет в ТОФК по месту нахождения грантополучателя представленные контрагентом документы для открытия лицевого счёта.
В последующем контрагент получает в ТОФК по месту своей регистрации квалифицированный сертификат ключа проверки электронной подписи для доступа к программе удаленной работы (санкционирования операций) с ТОФК и одновременно устанавливает программный продукт Федерального казначейства «Система удалённого финансового документооборота». После открытия лицевого счёта контрагенту сторонами вносятся изменения в договор в части уточнения реквизитов контрагента, и дополнительное соглашение грантополучатель представляет в ТОФК по месту обслуживания.
Грантополучатель формирует платёжный документ для зачисления суммы аванса согласно условиям заключённого договора, и далее идёт исполнение договора сторонами (поставка товара, выполнение работ, оказание услуг). По факту исполнения договора грантополучателем формируется платёжный документ для окончательной оплаты стоимости приобретений, полученных от контрагента. Следующим этапом он оформляет уведомление о полном исполнении контрагентом обязательств по заключённому договору. Итоговым платёжным документом контрагент зачисляет сумму средств со своего лицевого счёта, открытого в управлении, на свой расчётный счёт, открытый в кредитном учреждении.
После исполнения всех обязательств и отсутствия на лицевых счетах денежных средств грантополучатель и контрагент имеют право закрыть лицевые счета. В данном случае контрагент обращается в ТОФК по месту своей регистрации с заявлением о закрытии лицевого счёта, открытого в другом территориальном органе Федерального казначейства.
Единственное ограничение, которое налагает Федеральное казначейство в обоих случаях, – открытие лицевых счетов возможно только юридическим лицам, индивидуальным предпринимателям, а также крестьянским (фермерским) хозяйствам.
С 2020 года целевое использование грантовых средств, полученных победителями конкурсного отбора по проекту «Агростартап», также подпадает под казначейское сопровождение.