Он получил своё название из-за характерной способности передвигаться особым аллюром. Этот аллюр называется фокстрот, или «лисья рысь». Порода сформировалась в течение XIX в., но племенная книга миссурийского фокстроттера была начата только в 1948 г.
Способность к фокстроту, а также к плоскому шагу и кентеру (галопу) у фокстроттера является врождённой, но может быть усилена в результате тренировок. Миссурийский фокстроттер был выведен в горах Озарк поселенцами с Востока, главным образом из Вирджинии, Теннесси и Кентукки, прибывшими после провозглашения Миссури штатом в 1821 г. Поселенцы привели с собой верховых лошадей – арабских, морганов, а также плантаторских. Позднее их скрещивали с американскими верховыми (сэдлбредами), американскими рысаками (стандартбредами) и теннессийской прогулочной породой. В результате получилась компактная мускулистая лошадь с устойчивыми ногами. Обнаружилось, что лошади могут двигаться «лисьей рысью». Этот аллюр отлично подходил для скалистой и лесистой местности близ озера Озарк, и его стали закреплять при разведении.
Миссурийский фокстроттер приобрёл популярность у тех, кому требовалось преодолевать большие расстояния с невысокой скоростью и комфортом: у шерифов, сельских врачей и скотоводов. Благодаря спокойному нраву фокстроттера нередко называли лошадью простых людей. В Миссури, где скотоводство всегда было очень хорошо развито, использование лошадей связано с пастьбой скота в горах Озарк.
Один из известных производителей породы, рыжий жеребец по кличке Олд Фокс (Старый Лис), всю жизнь занимался перегоном скота на юге Миссури. Когда автомобили практически вытеснили лошадей как транспортное средство, скотоводы Озарка продолжали разводить и использовать этих животных, таким образом спасая их.
В 1948 г. в поселке Ава штата Миссури была учреждена Ассоциация породы миссурийских фокстроттеров, а в 1958 году – реорганизована. Сегодня в США, Канаде, Австрии и Германии зарегистрировано около 52 000 голов. Национальный зал славы породы располагается в холмистой местности близ поселка Ава в штате Миссури. Ежегодно в июне здесь проводится выставка трёхлеток, а осенью – торжественное шоу, которое продолжается в течение шести дней. Это шоу, завершающееся чествованием чемпионов породы, проходит с 1959 года.
У миссурийского фокстроттера мягкая, шелковистая шерсть, он способен нести большой вес и крепко стоять на ногах. Но главная особенность этой лошади – аллюр фокстрот. Это диагональный аллюр, напоминающий рысь, при этом лошадь шаг начинает с передних ног, а рысь – с задних. Задние ноги фокстроттер не ставит на землю с резким ударом, как при обычной рыси: они как бы проскальзывают под корпус. При этом заднее копыто наступает на след переднего, и стирает его. Такой аллюр удобнее, чем тряские движения других пород, и всадник может длительное время ехать вполне комфортно, ощущая лёгкое колебательное движение. При этом лошадь должна выглядеть оживлённой и собранной, соблюдать стиль и ритм. Хвост она слегка приподнимает так, что он движется в такт с равномерным движением ног. Плоский шаг тоже должен исполняться с живостью и соблюдением стиля. Он представляет собой четырёхтактный аллюр, при котором лошадь задними копытами переступает через следы передних.